小池知事就任後、豊洲移転に際し盛り土虚偽問題が明るみになった。
築地市場の移転先である豊洲市場の建物の下に土壌汚染対策としてするはずの盛り土が無かったことが大きな問題となっている。
盛り土がなく空洞になっている地下空間には、強アルカリの水が溜まっていた。
ベンゼンなどの有害物質は検出されていないものの、環境基準を下回る微量のヒ素などが検出されている。
2017年に入り、東京都の豊洲市場（江東区）の地下水から環境基準の最大７９倍の有害物質が検出されている。
築地で働く方々からは怒りの声が噴出している。
石原慎太郎氏知事当時のコメント
石原前都知事が、地下にコンクリートの箱を埋める案に言及していたことが１５日、分かった。
2008年7月
東京都の専門家会議が豊洲市場の土壌汚染対策のため盛り土を行うことを提言。
2008年5月30日
石原都知事（当時）
「土を全部さらっちゃった後、地下２階ぐらいですかね。その構造を詳しくは専門性分かりませんけども。３ｍ２ｍ１ｍかそういう段階の要するに箱ですねコンクリートの」
専門家会議が盛り土計画を固めていたものの
「コンクリートの箱を埋め込むことで、その上に市場とかのインフラを支える、その方がずっと安くて早く終わるんじゃないか」と工期や費用が押さえられるというメリットがあると持論を展開していた。
石原元都知事の現在のコメント
９月１５日（木）のコメント
上記事実に関し
「それは知りません。僕はそういう話を聞いただけのことだから」
「私は下から聴いたことを皆さんに報告しただけですよ」
記者「その下というのは？」
石原氏「市場長でしょ」
とコメント
一方、当時の市場長（比留間英人）は「石原氏から指示を受けた」と主張
当時の市場長のコメント
「石原氏の会見の内容は、私が指示を受けたわけですけども、586億円という土壌汚染対策費をはじきましたけどもそれより（コンクリートの箱案は）かなり（工費が）多かったと記憶しております」
「知事に報告しましたよ。『採用できません』と」
記者「その時知事はどういう・・・？」
市場長
「ああ そうか」って
石原慎太郎4年ぶりのツイート
世の中では今もなお、小池知事による豊洲問題に関する質問状に対し、私が具体的な回答をしていないということであるらしいが、それは間違いです。私は全ての質問に対し、ひとつひとつ記憶を遡りながら誠意をもって回答した。質問・回答の全文は、文芸春秋本誌の昨年12月号に掲載した。
— 石原 慎太郎 (@i_shintaro) 2017年2月5日
両者の言い分が真っ向から対立していたが、
17日土曜日、石原前都知事は発言を修正
石原前都知事は「専門家から聞き都の幹部に検討したらどうだ」と指示をしたことを認める。
しかし、現在の設計になったことについての報告は一切受けていないともコメントしている。
「僕は騙されたんですね。してない仕事をしたことにして予算を出した訳ですから。」とコメントし、都を批判している。
石原良純氏のフォローコメント
「騙されたじゃなくて、あんた当事者だろという思いがみんなあるじゃないですか。
うちの親父はそういうのあんまり考えない人だから。」
「要するに過ぎ去ったことなんだよね。都知事じゃないし今。その時の物事に当たっていくのが石原慎太郎流なんですよ。」
松本
「良純さん自体は、お父さんのことをうちの親父ダメだよって思ってますか？」
良純
「僕は、たくさんの仕事をしている中で、そのやりとりも大して覚えてないわけよ。覚えてなくて、いきなり空洞になっているということを２週間くらい前のニュースで知ったということ」
再度、松本さんより追及される
「良純さん自体は、お父さんのことをうちの親父ダメだよって思ってますか？」
良純
「僕は石原慎太郎という人間を知っている。基本的に政治家であり、知事である以前に作家だから、創作活動の中で生きているんですよ。モノを作っていくことに関してはものすごく熱心だけれども、そこをメンテナンスしたり継続していくことに関してはあんまり興味がない。でも、それはいいところと悪いところがあって成功した仕事もあるしね・・」
松本「石原さんだからこそできたこともあるしね」
良純
「成功と失敗はあるわけです。ただ、成功しても、失敗してもさして興味がない」
そういう人だから仕方ないというフォローのようだ。
依然、誰がどこで何を決めてこのような事態になったのか、ハッキリしないまま。安心して安全な築地市場の移転が行えることを願うばかりだ。